История Атырауского филиала начинается с 1938 года, когда была основана Гурьевская Палата мер и весов, как самостоятельная организация, с ограниченной сферой деятельности – надзор за состоянием средств измерений и осуществление поверочной деятельности. В послевоенный период и годы восстановления народного хозяйства СССР, начался новый период развития Гурьевской лаборатории государственного надзора за стандартами и измерительной техникой. В 1954 году лаборатория преобразуется в Гурьевскую госконтрольную лабораторию (ГКЛ), в 1966 году – в лабораторию государственного надзора (ЛГН). В эти же годы создаются новые направления работ, ведется оснащение поверочной лаборатории новыми образцовыми средствами измерений и эталонами. В 1972 году происходит переименование в Гурьевскую областную лабораторию Госнадзора (ОЛГН).

С 1990 года Центр стандартизации и метрологии (ЦСМ) занимается работами по стандартизации, оказывая практическую и методическую помощь хозяйствующим субъектам по подготовке производства и постановке продукции на производство, разработке технологической документации и технических условий в регионе, проводит экспертизу и государственную регистрацию последних. При филиале формируется справочно-информационный фонд нормативных документов, куда могут обратиться все желающие. Метрологическая служба филиала в это время осуществляет поверку средств измерений по ограниченной номенклатуре.

С выходом в 1993 году закона РК «О стандартизации и сертификации» в филиале создаётся отдел по сертификации и к работам по поверке средств измерений и стандартизации добавляются работы по сертификации продукции. С 15 августа 1997 года Атырауское Государственное предприятие «Центр стандартизации, метрологии и сертификации», в пределах компетенции Госстандарта, ещё осуществляет специальные исполнительные и контрольно-надзорные функции в сферах стандартизации, метрологии и сертификации.

14 июня 1999 года путем слияния республиканских государственных предприятий в регионах республики было создано единое Республиканское государственное предприятие «Казахстанский центр стандартизации, метрологии и сертификации» (РГП «КазЦСМС») на праве хозяйственного ведения согласно ПП РК от 14 июня 1999 года № 743, правопреемником которого и стало ОАО «НаЦЭкС». И через семь лет в 2006 году ОАО «Национальный центр экспертизы и сертификации» был преобразован в АО «НаЦЭкС».

Сегодня Атырауский филиал является ведущим предприятием, оказывающим услуги в области стандартизации, метрологии, сертификации, экспертизы происхождения товара, систем менеджмента. Филиал располагает высококвалифицированными специалистами, производственными помещениями, соответствующим оборудованием, документированной системой менеджмента качества, достаточными материальными и финансовыми ресурсами, необходимыми для обеспечения выполнения предлагаемых видов работ и услуг. Наличие собственных современных испытательных лабораторий позволяют проводить сертификационные испытания пищевой продукции, парфюмерно-косметических изделий, строительных материалов.